El Real Monasterio de la Visitación de San Isabel es un convento de clausura de monjas agustinas recoletas fundado en 1589 por el santo agustino fray Alonso de Orozco, reformador de la orden. El convento tuvo su primer alojamiento en la calle del Príncipe, su alojamiento definitivo se debe a la intervención de la reina Margarita de Austria, esposa de Felipe III, quien creó el Patronato Real en 1610, entregando a las monjas la llamada Casilla, finca y palacio de campo del secretario de Felipe II Antonio Pérez, edificio en parte subsistente en la actual clausura. Con el reinado de Felipe IV se inicia la construcción de la iglesia, además, atendiendo a la petición de las monjas, las liberó en 1649 de la carga del colegio que se encontraba en el mismo edificio, encomendándoselo primero a un grupo de mujeres laicas y luego a las asuncionistas, orden que todavía hoy lo regenta.
Las trazas arquitectónicas de la iglesia se deben a Gómez de Mora, iniciándose su construcción en 1640 por Jerónimo Lázaro Goiti y terminándose en 1665. Fue completamente saqueado por las tropas francesas y las monjas no volvieron hasta 1816. Al estallar la guerra civil, en 1936, el convento fue incendiado y destruidas las obras de arte que contenía, reconstruyéndose en 1946 con la venta de algunas obras artísticas salvadas por las monjas antes del conflicto.
La iglesia es un edificio de planta singular, con nave de dos tramos muy reducidos y un gran crucero, que casi dobla en extensión las dimensiones de la nave. La cúpula semiesférica que cubre el crucero se sustenta sobre cuatro pilares achaflanados muy amplios, de modo que las pechinas que descargan sobre ellos tiene forma de trapecios. En el tambor se abren ocho vanos con ornamentación barroca que iluminan fuertemente el crucero, reforzando el aspecto centralizado de la planta.
En 1664 Sebastián de Benavente recibió el encargo de ejecutar los retablos de la iglesia. El retablo mayor albergaba un gran lienzo de la Inmaculada Concepción, obra de José de Ribera encargado por Juan José de Austria, Virrey de Nápoles. Las monjas, según se cuenta, hicieron más tarde repintar la cabeza de la Virgen a Claudio Coello, por entender que era un retrato de la hija de Ribera, con la que se decía que el Virrey había mantenido relaciones ilícitas. Las pinturas que decoraban el crucero realizadas por artistas de la talla de Claudio Coello, Mateo Cerezo y Benito Manuel Agüero fueron quemadas en 1936 junto con los frescos del siglo XVIII de Zacarías González Velázquez.
El actual retablo mayor, en madera tallada y policromada del siglo XVII, procede de la Catedral de Pamplona, instalado en este lugar tras la última restauración. Decorando el crucero se han dispuesto otras pinturas en retablos, destacando un Arcángel san Jeudiel de Vicente Carducho y una Inmaculada de Mariano Salvador Maella, procedentes de los fondos primitivamente conservados en clausura. En ella se encuentran todavía algunas otras obras de relativo interés, primordialmente de escuela madrileña de la segunda mitad del siglo XVII, y entre ellas varias obras de Antonio Pereda y de José Antolínez.