La visita al Museo de la Catedral de la Almudena se inicia con las estancias de la Catedral: la Sala Capitular y la Sacristía Mayor, decoradas con modernos mosaicos del Centro Aletti. A través de escenas del Antiguo y el Nuevo Testamento descubrimos el vínculo entre la Creación y la historia de la Salvación.
El origen y la historia de la Iglesia de Madrid ocupan el primer espacio de la exposición del Museo. Nos reciben los retratos de los doce obispos que han regido la diócesis desde 1885 hasta la actualidad. Junto a ellos, los retratos de los reyes promotores de la construcción de la Catedral, don Alfonso XII y doña María de las Mercedes. El recorrido continúa con las salas dedicadas a los dos Patronos de la ciudad: Santa María la Real de la Almudena y San Isidro Labrador. Se expone una selección de ofrendas y donaciones, propiedad de la Congregación de la Real Esclavitud, fruto del culto y la devoción a la Virgen de la Almudena. Por último, destacamos el valioso códice de Juan Diácono, el documento más antiguo sobre la vida y los milagros de San Isidro.
A continuación, tras subir por las escaleras, se alcanza la cúpula de la Catedral, desde donde se disfrutan unas extraordinarias vistas de la capital de España.
En la segunda galería del Museo se explica de forma catequética la liturgia de la Iglesia Católica a través de los siete Sacramentos. El sacramento de la Eucaristía está representado en tres espacios: la sacristía, el altar y la adoración. El resto de objetos litúrgicos muestran los sacramentos del bautismo, la penitencia, la confirmación, la unción, el orden sacerdotal y el matrimonio. Finalmente, un recuerdo especial al Santo Papa Juan Pablo II, que el 15 de junio de 1993 celebró la misa de consagración de la Catedral de la Almudena reproducida en video.