La Capilla del Hospital del Niño Jesús se alza en el centro del complejo hospitalario, en la calle Menéndez Pelayo, enfrente del Parque del Retiro. El Hospital fue fundado por doña María del Carmen Hernández y Espinosa que fue duquesa de Santoña por su segundo matrimonio con don Juan Manzanedo, duque de Santoña y marqués de Manzanedo. El hospital y su iglesia fueron construidos según proyecto de 1879 del cotizado arquitecto Francisco Jareño, terminándose las obras en 1881.
La Iglesia está situada en el centro del edificio del Hospital, de planta rectangular y se compone de una sola nave. De estilo neomudéjar, según la moda dominante en aquellos años finales del siglo XIX, la iglesia en su fachada está adornada con esculturas y bellos detalles. A ambos lados se levantan dos torres laterales para campanarios y en su centro, hay una tercera que sostiene el carillón del reloj.
En el interior, con su única nave, es sin embargo neogótica, muy sencilla, pero con obras de gran valor artístico. Óleos sobre lienzo, óleos sobre metal en el púlpito del templo, las vidrieras, obra de 1881 de la Casa Mayer y un extraordinario viacrucis. La duquesa era poseedora de un gran patrimonio artístico, en el que destacaba su colección de pintura, que legó al Hospital.
La Colección estaba formada sobre todo por obras de temática religiosa del siglo XVII, principalmente del barroco madrileño. En la actualidad el Hospital, Bien de Interés Cultural desde 1995, cuenta con más de ciento cincuenta obras de arte de gran valor.